หลังจากผ่านการต่อสู้ของศึก4จักรพรรดิมา1ปี การผจญภัยครั้งใหม่ก็เริ่มขึ้น"โกลด์" เด็กหนุ่มซึ่งอาศัยอยู่ในเมืองวาคาบะ เขตภูมิภาคโจโต พร้อมด้วย ฮิโนอาราชิ(บาคุทาโร่)คู่หูออกตามล่า"ซิลเวอร์"ที่ขโมยวานิโนโกะไปจากห้องทดลองของดร.อุทสึหงิ รวมทั้งเครื่องรวมภาพโปเกม่อนจากดร.ออร์คิด
ในระหว่างที่ผจญภัยอยู่ในโจโตนั้นก็ได้ต่อสู้กับสมุนที่เหลืออยู่ของแก็งค์ร็อกเก็ตซึ่งอยู่ในการควบคุมของชายสวมหน้ากาก ซึ่งรอการคืนชีพขึ้นมาอีกครั้งหลังจากศึกตัดสินที่ชิลฟ์คัมปานี
ที่เมืองฮิวาดะ โกลด์ได้พบ"สึคุชิ"ชายผู้มีหน้าตาคล้ายผู้หญิงที่กำลังตามหาพรรคพวกที่หายสาบสูญไปที่โบราณสถานแอลฟ์ ด้วยความพลั้งเผลอทำให้ฝูงอันโนนที่หลับใหลมานานนับตั้งแต่สมัยดึกดำบรรพ์ได้ตื่นขึ้นและอาละวาดใส่พวกแก็งค์ร็อกเก็ตจนหนีไปได้ในที่สุด
วันหนึ่งโกลด์ได้รับไข่ใบหนึ่งจากดอกเตอร์อุทสึหงิหลังจากนั้นไข่ใบนั้นก็แตกออกปรากฏโทเงปี้ออกมา ดอกเตอร์อุทสึหงิจึงให้โกลด์มุ่งหน้าไปหา2ผู้เฒ่าเลี้ยงเด็ก 2 ผู้เฒ่าเลี้ยงเด็กได้ช่วยฝึกฝนโกลด์ให้รู้เรื่องพื้นฐานในการโปเกม่อนแบทเทิลโดยการใช้เทคนิคเป็นส่วนใหญ่ เมื่อรู้ข่าวว่ามิคังซึ่งเป็นเจ้าของโทเงปี้ซึ่งเป็นลูกของโทเงติค2ตัวของเธอได้เกิดประสบอุบัติเหตุในขณะเดินทางที่เมืองเอ็นจู จึงมอบหมายให้โกลด์ไปช่วยมิคังพร้อมกับให้เครื่องหมายราชาเป็นรางวัล เมื่อไปถึงเมืองเอ็นจูก็พบซิลเวอร์กำลังช่วยมิคังอยู่ในหอคอยซึสึแต่เพราะสมุนของหน้ากากน้ำแข็งชามูและคาสึมาขวาง โกลด์จึงให้เด็นริวของมิคังพามิคังไปยังที่ปลอดภัยแล้วเกิดการต่อสู้ขึ้น แต่ชามูและคาสึหนีไปได้ซะก่อน
ที่เมืองโทคิวะได้มีการคัดหาบุคคลมาทำหน้าที่เป็นหัวหน้าโรงยิมโทคิวะหลังจากที่ห่างหายไปนาน เร้ดนั้นสามารถเอาชนะใจคณะกรรมการได้แต่เร้ดก็ขอถอนตัวไปเพราะร่างกายตกอยู่ในสภาพที่บอบช้ำเพราะถูกฤทธิ์ของกุญแจน้ำแข็งของคันนะเมื่อปีก่อน จึงให้กรีนมาเป็นผู้นำโรงยิมโทคิวะแทน กรีนแนะนำให้เร้ดมุ่งหน้าไปที่บ่อน้ำร้อนศักดิ์สิทธิ์ที่เขาชิโรงาเนะซึ่งมีนัทสึเมะซึ่งถูกกุญแจน้ำแข็งของคันนะล็อกไว้เหมือนกับเร้ดรออยู่ นัทสึเมะได้บอกถึงภัยร้ายที่จะต้องเกิดขึ้นให้กับเร้ดและมอบช้อนชี้ชะตาให้เพื่อนำทางไปยังบ่อน้ำพุร้อนที่รักษาได้ชะงัดกว่าแต่เนื่องจากมันค่อนข้างที่จะอันตรายให้กับเร้ด
อีกไม่นาน ดอกเตอร์ออร์คิดกับดอกเตอร์อุตสึหงิได้มอบสมุดเครื่องรวมภาพโปเกม่อนเล่มที่3ให้กับ"คริสตัล"ซึ่งเป็นผู้เชี่ยวชาญการจับ เพราะว่าเครื่องรวมภาพโปเกม่อนของโกลด์กับซิลเวอร์นั้นยังไม่คืบหน้าดีนัก ส่วนเยลโล่ว์นั้นถูกคุณอานักตกปลาไหว้วานให้ไปโจโตพร้อมกับปิก๊ะ แต่ใน ขณะเดินทางนั้นเกิดน้ำวนขึ้นอย่างรุนแรงพร้อมกับการปรากฏตัวของ"ลูเกีย"โปเกม่อนนกยักษ์ที่ปรากฏตัวขึ้นเมื่อปีก่อนในศึก4จักรพรรดิ โกลด์ ซิลเวอร์และคริสตัลจึงได้ทำการต่อสูแต่เกิดมีมือที่3ชิงจับลูเกียไปได้ซะก่อน
- มิคัง vs ทาเคชิ : มิคัง ชนะ
- มิคังใช้ฮากาเนลซึ่งเป็นร่างที่2ของอิวาร์คและมีร่างเป็นเหล็กกล้าซึ่งทำให้ได้เปรียบจึงชนะทาเคชิได้อย่างง่ายดาย
- อาคาเนะ vs คาสึมิ : คาสึมิ ชนะ
- อาคาเนะนั้นเป็นยอดฝีมือก็จริงแต่ขาดความรอบคอบซึ่งผิดกับคาสึมิจึงทำให้คาสึมิชนะได้อย่างงดงาม
- ฮายาโตะ vs อันสึ : ฮายาโตะ ชนะ
- ความจริงแล้วอันสึกำลังชนะแต่บังเอิญเห็นเคียวผู้เป็นพ่อแอบดูอยู่จึงรีบไปหาแต่ไม่ทัน ทำให้ฮายาโตะเป็นฝ่ายชนะ
- มัตสึบะ vs แมททิส : เสมอ
- ความจริงแล้วแมททิสเป็นฝ่ายชนะแต่มัตสึบะนั้นไม่ยอมให้ชนะจึงใช้เทคนิค"ร่วมชะตา"ที่ทำให้ทั้งสองฝ่ายหมดสภาพต่อสู้ไปพร้อมๆกัน
- สึคุชิ vs นัทสึเมะ : นัทสึเมะ ชนะ
- ถึงสึคุชิจะได้เปรียบแต่ไม่รู้ทันเล่ห์เหลี่ยมของนัทสึเมะที่แอบสร้างบ้านล่องหนโดยที่เล่นละครตบตาโดยตลอดจึงทำให้นัทสึเมะชนะ
- ชิจิม่า vs กรีน : กรีน ชนะ
- กรีนเคยไปฝึกเป็นเทรนเนอร์กับชิจิม่ามาแล้วครั้งหนึ่ง ชิจิม่าแสดงให้กรีนเห็นถึงการดัดแปลงกลยุทธ์ของอีกฝ่ายให้เป็นประโยชน์แล้วกรีนก็ได้นำความรู้นี้มาประยุกต์ใช้กับตัวเอง จนทำให้ชิจิม่ายอมรับได้ ศึกนี้เป็นศึกระหว่างศิษย์กับอาจารย์ที่น่าประทับใจเป็นอย่างมาก
- ยานางิ vs เอริกะ : ยานางิ ชนะ
- เอริกะใช้ท่า"ระบำกลีบดอกไม้"ที่สามารถโจมตีและตั้งรับได้อย่างสมบูรณ์แบบและเก็บอารมณ์ในการต่อสู้แต่เนื่องจากยานางิมีประสบการณ์มากกว่าจึงเอาชนะเอริกะไปได้
ทว่า สนามลีกได้เกิดการปรากฏตัวของสมุนแก็งค์ร็อกเก็ตและหน้ากากน้ำแข็งที่ได้เสร็จจากการจับโฮโอและลูเกียแล้ว บรรดาผู้นำโรงยิมได้ร่วม มือกันบุกเข้าไปปราบ
- อิบูกิ vs คาสึระ : คาสึระ ชนะ
- อิบูกิได้ใช้ท่าบ้าคลั่งต่อสู้กับคาสึระเพราะโมโหที่วาตารุผู้เป็นพี่ชายที่ติดต่อเรื่อยมาได้หายสาบสูญไปหลังจากต่อสู้กับคาสึระในศึก4จักรพรรดิคันโตแต่เพราะคาสึระได้รับการช่วยเหลือจากเอนเต้ทำให้ชนะไปในที่สุด
ส่วนผู้นำโรงยิมที่ได้รับการยอมรับจากโปเกม่อนในตำนานคือคาสึมิ,แมททิสและคาสึระได้ต่อสู้กับหน้ากากน้ำแข็ง หน้ากากน้ำแข็งได้จับตัวกันเทสึไปและขโมยสูตรลับที่ใช้สร้าง"บอลจับเวลา"ไป ในการต่อสู้กับโฮโอและลูเกียคาสึมิได้รับบาดเจ็บจนไม่สามารถสู้ต่อไปได้ จึงให้ซุยกุนเลือก "คริส" เป็นเจ้านายด้วยความสมัครใจ ส่วนหน้ากากน้ำแข็งได้ต่อสู้กับโกลด์และเอาชนะโกลด์ได้ทว่าความลับที่ถูกซ่อนก็ถูกเปิดเผยออกมาว่าตัวจริงของหน้ากากน้ำแข็งคือผู้เฒ่ายานางินั่นเอง
ที่ป่าอุบาเมะบลูได้พบกับคารินและอิสึกิซึ่งเป็นเด็กสวมหน้ากากเหมือนกัน คารินได้บอกว่าในวันนี้จะเป็นวันที่หน้ากากน้ำแข็งจะจับเวลาได้ในที่สุด และได้เกิดการต่อสู้กลางอากาศขึ้น เร้ดได้คู่กับฟรีซเซอร์ กรีนคู่กับธันเดอร์ ส่วนบลูได้คู่กับไฟร์ ต่อสู้กับ คารินที่ได้คู่กับโฮโอ ส่วนซิลเวอร์ที่ร่างกายสะบักสะบอมเพราะถูกเล่นงานได้ต่อสู้กับอิสึกิที่จับคู่กับลูเกีย ผลที่ได้คือซิลเวอร์ได้เอาชนะอิสึกิไปได้
เร้ด กรีน และบลูที่ไม่สามารถต่อกรกับโฮโอและลูเกียได้รับการช่วยเหลือจากมาซากิโดยการส่งกองทัพโปเกม่อนของผู้คนที่ชื่นชอบโปเกม่อนมาเป็นกำลังเสริมจึงทำให้เกิดพลังอันยิ่งใหญ่ที่จะทำลายพันธนาการของโฮโอและลูเกียได้
